Contrairement aux cyanobactéries historique qui flottent librement dans les eaux calmes, celle-ci est identifié dans les eaux courantes des rivières, ruisseaux, certain lacs, … et ont besoin de s’attacher à un habitat stable comme les pierres, roches, végétation aquatique pour coloniser au fond de l’eau.
Ayant besoin de suffisamment de lumière, on les retrouve dans les plans d’eau ou cours d’eau avec une bonne clarté pour que le soleil puisse atteindre le fond.
Les scientifiques identifient ce phénomène en rivière par la dénomination : «cyanobactéries Benthique ».